南开大学元素有机化学研究所是国内高等院校成立的第一个从事有机化学研究的研究所。五十年代末，在周恩来总理和聂荣臻副总理的亲切关怀下，在国家科委、教育部的大力支持和校党委直接领导下，杨石先校长自1959年开始筹建元素有机化学研究所，并为此邀请前苏联科学院院士卡巴契尼克等来校讲学。1962年正式建所，杨石先校长任所长。建所后与化学系一起承担了国家科学技术发展12年规划中有关任务，开展了含磷、氟、硅、硼等元素有机化学研究工作，取得了不少可喜的成果。至今逐步发展为农药化学、元素有机化学和金属有机化学三个研究方向。经过多年的努力，现已建成化学楼、分析楼、生物测定楼和中试车间，拥有农药化学、金属有机、精细有机合成、有机分析、生物测定、毒力测定、农药剂型、情报资料等室组。1985年在国家教委关心和支持下，国家计委批准建立以南开大学为依托单位，以我所和化学系金属有机为基础的元素有机化学国家重点实验室。1990年国务院学位办批准我所成立农药化学博士点，使农药化学研究得到进一步加强。1992年在国家计委领导和支持下，在我所建立了全国第一个农药筛选协作组。1995年，国家计委批准以我所为依托单位组建农药国家工程研究中心。